Erste Gruppen der FDJ entstanden vor dem Zweiten Weltkrieg im Exil, so im Juni 1936 in Paris, am 8. Mai 1938 in Prag und im April 1939 in Großbritannien.
Am 1. September 1945 trafen sich KPD- und SPD-Vertreter, um einen Jugendausschuss für die gesamte sowjetische Besatzungszone zu errichten.
Am 6. März 1946 erfolgte die Genehmigung der FDJ-Gründung durch die Sowjetische Militär-Administration (SMAD).

Name und Emblem der Exilgruppen wurden bei der Gründung übernommen. Die neu gegründete FDJ verstand sich aber nicht als Rechtsnachfolger der Exilgruppen.

Die FDJ in der DDR war Mitglied im Weltbund der Demokratischen Jugend (WBDJ) und im Internationalen Studentenbund (ISB).

In der Bundesrepublik Deutschland ist die ehemals organisatorisch selbständige FDJ in Westdeutschland seit 1951 wegen Verfassungsfeindlichkeit verboten.

Die Freie Deutsche Jugend (FDJ) war ein sozialistischer Jugendverband.

In der DDR war sie die einzige, staatlich anerkannte und geförderte Jugendorganisation. Sie war als bedeutende Massenorganisation Teil eines parallelen Erziehungssystems zur Schule. Die FDJ war nach dem Prinzip des „demokratischen Zentralismus“ organisiert. Sie verstand sich in den Folgejahren immer mehr als "Kampfreserve der SED".

Sie hatte die folgenden Organisationseinheiten:
- Gruppe (z.B. Schulklasse, Jugendbrigade),
- Abteilungs-Organisation (z.B. in Großbetrieben)
- Grundorganisation (Schule / Universität / Betrieb),
- Kreisleitung (Kreis im verwaltungstechnischen Sinne),
- Bezirksleitung (Bezirk als zweitgrößte Verwaltungseinheit der DDR).

Oberste Verwaltungsebene bildete der "Zentralrat der FDJ".

Die Jugendlichen wurden auf entsprechenden Antrag ab dem 14. Lebensjahr in die FDJ aufgenommen.

Die Mitgliedschaft war laut Statut freiwillig, doch hatten Nichtmitglieder Nachteile bei der Zulassung zu weiterführenden Schulen sowie bei der Studien- und ihrer Berufswahl zu befürchten und waren starkem Druck durch linientreue Lehrkräfte ausgesetzt.

Nach der Wende (1989) verlor die Organisation nahezu alle ihre Mitglieder.
Ab 1990 erkannte die PDS (Nachfolgerorganisation der SED) die FDJ nicht mehr als ihren Jugendverband an.

Bis ca. 1993 existierten teilweise noch funktionierende ehrenamtliche Landesstrukturen.Die Anzahl der Ortsgruppen schwand jedoch weiter.
Die FDJ verfügte 2011 nur noch über rund 200 Mitglieder.