Die Deutsche Seereederei wurde am 1. Juli 1952 unter dem Namen „VEB Deutsche Seereederei Rostock“ (DSR) gegründet. Bis zum Herbst 1954 war die DSR auf Grund defekter Schiffe eine Reederei "ohne Schiff".

Im Herbst 1954 wurden als erste Schiffe die Dampfer Rostock und Wismar und im Dezember das Motorschiff Stralsund in Dienst gestellt. Mitte 1955 folgten mehrere Küstenmotorschiffe mit je 500 tdw. Einsatzgebiete waren Ostsee, Nordsee und Mittelmeer. Transportiert wurden die Außenhandelsgüter der DDR. Durch den "Kalten Krieg und Ansprüche der Bundesrepublik Deutschland" war es am Anfang schwierig, ausländische Partner für den Handel, aber auch die Versorgung und Ausrüstung der Schiffe in ausländischen Häfen zu finden.

Eine finnische Reederei machte am 1. Januar 1956 den Anfang mit einem gemeinsamen Liniendienst zwischen Südfinnland und den DDR-Häfen. Nach anfänglichem Improvisieren begann der Ausbau zu einer weltweit agierenden Reederei. Feste Liniendienste wurden nach Ost- und Westeuropa, Fernost, Mittel- und Südamerika sowie nach Afrika eingerichtet. Allein der afrikanische Kontinent wurde mit fünf festen Routen an das ostdeutsche Transportnetz angeschlossen. Seit 1958 betrieb die DSR hier – in Gemeinschaft mit der sowjetischen Baltic Shipping Company und der nationalen Schifffahrtsgesellschaft der Vereinigten Arabischen Republik – eine Linie mit Alexandria als Abschlusshafen. 

In den Jahren 1958 bis 1960 übernahm die Deutsche Seereederei erstmals gebrauchte Handelsschiffe aus dem westlichen Ausland. Grundlage dafür bildete der Beschluss des Ministerrats, einen „Valuta- und DM-Fonds Zusatzflotte“ zu bilden.  Bis 1964 arbeiteten bei der DSR 5670 Mitarbeiter und wuchs die Zahl der Schiffe auf 111 an, mit einer Ladefähigkeit von zusammen über 700.000 tdw. Davon stammten 54 Schiffe aus DDR-Werften. 

Am 1. Januar 1970 wurde eine zweite Reederei gegründet. Die Direktion Spezialschifffahrt wurde aufgelöst, die Mitarbeiter wurden zusammen mit den Mitarbeitern der Befrachtungsfirma „VEB Deutfracht Berlin“ in den neuen „VEB Deutfracht - Internationale Befrachtung und Reederei“ überführt. Am 1. Januar 1974 wurden aber mit Gründung desKombinates Seeverkehr und Hafenwirtschaft (KSH) beide Betriebe unter dem Namen „VEB Deutfracht/Seereederei Rostock“ (DSR) wieder vereinigt.

Von den 195 Schiffen im Jahr 1974 stammten 64 aus DDR-Werften, 19 waren Neubauten ausländischer, auch erstmals westeuropäischer Werften. Die Schiffe besaßen eine Kapazität von über 1,7 Mio. tdw. Die DSR hatte über 11.000 Mitarbeiter. Der größte Zuwachs wurde im Bereich der Tanker und Massengutfrachter erreicht.

Der Flottenausbau erlebte 1977–1979 seinen Höhepunkt. Nach dem Höhepunkt des Flottenausbaus 1979–80 wurde die Anzahl der Schiffe rückläufig und sank bis 1989 auf 161 Schiffe mit einer Kapazität von 1,7 Mio. tdw. 

Neben dem Frachtgeschäft übernahm die Deutsche Seereederei auch den Betrieb der Urlauberschiffe des FDGB Feriendienstes. Ab 1960 zunächst mit der Fritz Heckert und Völkerfreundschaft, ab 1985 mit der Arkona, die zuvor unter dem Namen Astor über die ZDF-Fernsehserie Das Traumschiff bekannt geworden war.